朱载坖以回京，各处的事情就找上来了，首先是礼部尚书赵贞吉再次上疏，请求为皇太子择定太子妃，举行婚礼，赵贞吉认为此事已经是拖不得的，要求朱载坖立即为皇太子举行婚礼，朱载坖御批，此事等杜太后和皇后决定后，朕再昭告天下。
除此之外，就是有关朱载坖让五军都督府负责清理登记天下卫所户籍的事情了，文官们都认为此事应该是兵部负责，官员们举出大明会典，认为这应该是兵部职方司的职责，按照大明会典的规定，兵部职方司负责掌舆图、军制、城隍、镇戍、简练、征讨之事；三年一报地图，以听征调之令；阅视修浚城池，因事增置镇戍将校，设兵屯戍；巡视操练，请命将出师，悬赏罚、调兵食、纪功过，及关津、缉捕、整顿军伍诸事。
但是朱载坖并不这样认为，朱载坖拿出实录，证明兵部职方司的掌握军籍的职能并非一开始就有的，至少在成化以前，对于军籍的管辖权，依旧是在五军都督府手中的，一个很简单的例子就是，正统时兵部尚书邝埜，向掌五府事务的恭顺侯吴克忠“取五军军数”，吴克忠回复说需要“闻于上”才可，而邝埜知道自己越权而连忙“走谢”。
说明在这个时候，军籍的掌握都不是兵部的职权，后来兵部才侵夺了五军都督府的职权，但是文官们就不干了，到嘴的的肉怎么可能他飞了，他们坚决不同意由五军都督府来负责军籍的清理工作。
以科道为首还有兵部的官员们纷纷上疏，认为按照大明会典和诸司执掌，五军都督府的职能仅仅是“其职分领都司卫所，掌一应从驾仪卫，诸武职替袭优给等项。所属悉上之府，府为转送兵部请选。其他，若武臣诰敕、水陆操练、俸粮屯种、军情声息、清勾替补、薪炭诸事，各分移所司而综理之。”
此事理应由兵部来管理，同时他们还指责执掌府事的勋臣和都督们，多不用心整理军政，亦不用心打点文书，一应行移纵容首领官吏通同作弊，认为他们携带政务，只有他们文官才是大明忠良，这些勋臣们役占官军、贪污索贿，但对于军事却大多一穷不通。
言官们指责勋臣不通武艺，违背大明的祖训，言官们集中火力，对着勋臣们一同狂喷，说这帮勋臣们是持弓不能发矢，甚则有堕弓于地者，继询韬略，俱不能答，不仅如此，还出则明坐大轿，入则拥列歌舞，心志骄惰，气体柔脆，不能承担军务。
老实说，言官们的说还确实是实情，这些勋臣们现在是日渐堕落，鲜有振作的，但是朱载坖现在是扩充五军都督府的权力，形成对于兵部的制约，对于这种话自然是置之不理，不仅如此，勋臣们开始上疏反驳了。
以英国公张溶、定国公徐文壁、临淮侯李庭竹、顺宁侯俞大猷、灵璧侯汤世隆等人也纷纷上疏，认为兵部侵夺五府权力，原本按照定制，以五军都督府分领天下卫所，结果现在兵部架空五府，独揽军权，显然不妥。
这帮勋臣们终于开窍了，朱载坖以皇帝之尊，都在帮他们争取了，他们自然明白应该怎么做，扩充五军都督府的权力在此一举，而耐人寻味的是，原本应该在这次事情发声的兵部尚书霍冀却一反常态的并没有说话，连内阁辅臣都上疏帮兵部争取了，但是霍冀这个本兵却一言不发，显得有些怪异了。
言官们随即调转枪口，弹劾霍冀不作为，但是霍冀也随即上疏请辞，这让朱载坖反而有些摸不着头脑了，霍冀这个兵部尚书总体来说还算是比较合格了，霍冀的突然辞职，不仅是让朱载坖有些措手不及，更让杨博有些措手不及，霍冀也算是醋党的干将了，一直替醋党经营着兵部，现在霍冀的突然请辞导致醋党面临丢失兵部的可能。
所以不仅是朱载坖当即驳回了霍冀的请辞奏疏，而且杨博也立即上门探望，对于杨博的询问，霍冀表示，自己主要是因为身体不好，不能胜任兵部尚书的职务，故而请求致仕，同时和赵贞吉的恶劣关系也是导致霍冀请辞的主要原因，霍冀去意已决，即便是杨博再三劝慰，霍冀也不愿担任这个兵部尚书职务。
杨博走后，霍冀命人收拾行装，只等朱载坖批准他的致仕就离京返乡，霍冀并非不愿当这个部堂大员，但是霍冀已经知道情形不对了，朱载坖要支持五军都督府扩张权力的意图是很明显的，一旦五军都督府的权力得到扩张，那就意味着文官集团们一直以来的压制武将的算盘落空。
一旦出现这样的局面，对于霍冀这个当事的兵部尚书来说，恐怕没有什么好处，所以霍冀果断选择开溜，同时在兵部没有尚书的情况下，朱载坖也更容易推行自己的政策，所以霍冀连上三疏，请求致仕，朱载坖不得已批准了霍冀的致仕请求，加霍冀少保兼太子太保，赐驰驿，领锦衣亲军护送归乡。
面对兵部尚书的出缺，朱载坖并没有立即要求吏部廷推，而是直接用中旨对五军都督府的人事进行了调整，朱载坖认为临淮侯李庭竹为中军都督府左都督，佥书中军都督府；定国公徐文壁为后军都督府左都督，佥书后军都督府；顺宁侯俞大猷为前军都督府左都督，佥书前军都督府；灵璧侯汤世隆为左军都督府左都督，佥书左军都督府；安远侯柳懋勋为右军都督府左都督，佥书右军都督府。
同时给五军都督府配齐佐贰官，命令五军都督府会同卫尉寺、锦衣亲军等，领导天下的都司卫所，清查军籍。
而霍冀在致仕之前，也向朱载坖上疏，一来是谈了自己对大明国防的看法，二来就是对现在的官军将领予以点评，推荐了几个将领。