王锡爵走后，朱载坖第一时间召见了内阁和部臣们，朱载坖问道：“对于王锡爵的奏疏，你们怎么看？”
重臣们认为王锡爵的奏疏还是言之有物的，甚至在南京的督师大学士张居正也上疏朱载坖，认为王锡爵的奏疏诚忧国之言也。
但是具体应该怎么办上，内阁还没有具体的措施。而朱载坖也深知此事的重大，朱载坖和马森、王锡爵想得都不太一样，朱载坖认为，既然还要改革，那小改不如大改，而现在整个内体的关键是在内阁，内阁的权力不明晰，导致整个大明的中央官制就处于混乱之中。
内阁没有明确的执掌，导致内阁完全依靠阁臣个人的能力扩张权力，阁部之争迁延日久，所以朱载坖认为，要重新拟定大明中枢各衙门的执掌，还有就是内外朝官，将行政和监察彻底分开，这样的话，才能够解决大明现在的问题。
而这次朱载坖没有选择先召集阁臣们商量此事，而是选择先召集部臣们商量此事，朱载坖首先召见的是吏部尚书杨博和礼部尚书吕调阳，杨博自不必说了，吕调阳虽然是李春芳引荐的，但是朱载坖也遣厂卫查过此公，这位属于在政坛默默无闻的老好人，派系色彩并不是很浓。
朱载坖召见他们二人的原因，就是向他们询问内阁的地位和执掌问题，他们一个是执掌天下礼制的大宗伯，一个是执掌大明铨政的大冢宰。
朱载坖开宗明义的问道：“杨天官、吕宗伯，以我大明祖制，内阁是何等样衙门啊？”
这个问题使得两位重臣一时之间有些不好回答，经过短暂思索之后，礼部尚书吕调阳说道：“陛下，盖内阁之制，追之于宋也，宋置殿阁之职为皇帝近侍，本朝沿袭之，为陛下顾问之臣也。”
杨博也说道：“大宗伯所言甚是，所谓内阁，内者，大内也，阁者，殿阁也。”
对于两位部堂大员的说法，朱载坖并不满意，朱载坖说道：“朕是让两位说内阁是何等样衙门，不是叫二位说文解字来的。”
面对朱载坖的不满，杨博、吕调阳赶紧请罪，朱载坖说道：“卿等直言就是，朕已经屏退外人了，此间仅有二卿与朕，何话不能说得？”
有了朱载坖这句话，杨博这才说道：“陛下既如此说，则老臣放肆言之，所谓内阁者，翰苑之内署也！”
杨博认为，内阁从制度上来说，仅仅是翰林院派驻内廷，作皇帝顾问的一个机构而已。
朱载坖问道：“大宗伯呢？”